Maria Jürgensen wurde in Flensburg geboren. 1995 begann sie das Kirchenmusikstudium in Leipzig – zu ihren Lehrern gehörten Prof. Arvid Gast, Thomaskantor Prof. Georg Christoph Biller, Universitätsmusikdirektor David Timm, Prof. Horst Gurgel sowie Prof. Dirk Schmidt – und legte 2002 das A-Diplom ab. Von Oktober 1999 bis Januar 2000 studierte sie an der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien u. a. in der Orgelklasse von Guido Mayer. Im April 2005 schloss sie das Konzertexamen Orgel bei Prof. Wolfgang Zerer an der Hamburger Musikhochschule mit Auszeichnung ab.
Sie spielte zahlreiche Orgelkonzerte in Deutschland, Dänemark, Frankreich (Notre Dame de Paris), Norwegen, Österreich und Russland. Meisterkurse/Seminare bei Ewald Kooiman, Ton Koopman, Helga Schauerte, Gunnar Ericsson, Hans-Michael Beuerle, Rolf Schweitzer u. a. ergänzten ihre Ausbildung.
Sie errang mehrere Preise bei internationalen Wettbewerben: 1999 2. Preis beim II. Internationalen August-Gottfried-Ritter-Orgelwettbewerb in Magdeburg, 2000 4. Platz und Diplom beim 12. Internationalen Johann-Sebastian-Bach-Wettbewerb in Leipzig, 2002 2. Preis und Sonderpreis (bei Nichtvergabe des 1. Preises) beim 2. Internationalen Orgelwettbewerb in Erfurt „Domberg-Prediger“.
Sie war Kirchenmusikerin in Hamburg-Harburg, anschließend in Berlin-Friedenau. Seit 2011 lebt sie wieder in Hamburg und ist sowohl in der Kirchengemeinde Hamburg-Sinstorf als auch als freischaffende Organistin und Chorleiterin tätig (www.maria-juergensen.de). Seit ihrer Schulzeit arbeitet sie zusammen mit dem Trompeter Jan Christoph Semmler (www.duokomplementair.de). 2005 gründete sie den Norddeutschen Kammerchor.